亲权鉴定的理论基础是孟德尔的遗传定律。根据这一定律，儿童的一半基因来自生父，一半来自生母。当实验室检测到许多不同的遗传标记时，首先是确定儿童与母亲共享的等位基因，称为母源必需基因或者生母基因，孩子等位基因中不与母亲共享的等位基因必须来自生父。这些基因被称为父源必需基因，而不与母亲共享的等位基因必须来自生父。这些基因被称为父源必需基因或生父基因。因此，佛山亲权鉴定的基本原理可以概括为以下两点：
1.肯定孩子的等位基因必须来自生父，而AF并不带有这个基因的情况下，可以排除他是孩子的生父。显然，检查的遗传标记越多，非生物学父亲被排除的可能性就越大；
2.确定孩子的某些等位基因必须来自生父，而AF也带有这些基因的情况下，不能排除他是孩子的生父。这些可以计算出如果他是孩子的生父，理论上有多大的把握。
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